L’IRBA dans la pandémie du SARS-CoV2

Les prémisses

Dès janvier 2020, les chercheurs du département de Microbiologie et Maladie Infectieuse de l’IRBA se sont mobilisés face à l’épidémie créée par le virus SARS-COV2 en renforçant la veille scientifique et en participant à la sécurisation du rapatriement des Français de Chine (délivrance de conseils en biosécurité auprès des autorités et déplacement d’experts à Istres pour l’accueil et le suivi de nos ressortissants). Les chercheurs ont immédiatement mis en place les moyens de détection du virus par RT-PCR dans les milieux biologiques. L’émergence du besoin de diagnostic au sein des armées s’est traduit par une double réponse de l’IRBA : la mise à disposition des moyens de diagnostic, matériel et formation auprès des hôpitaux d’instruction des armées et dès le 11 mars 2020 la mise en place d’une chaine autonome de diagnostique à la disposition de la médecine de forces, et particulièrement de la force océanique stratégique dont la permanence à la mer a pu être sécurisée. Au-delà, l’IRBA a contribué à renforcer d’autres entités du SSA mises en extrême tension (DCSSA/RH, DMF notamment).

L’expertise opérationnelle

L’émergence de clusters au sein des forces s’est traduit par la constitution d’équipes mixtes d’épidémiologistes du CESPA et d’experts en microbiologie de l’IRBA habitués à travailler en environnement microbiologique de haute sécurité. Ces équipes sont intervenues en France (site de Creil), en OpEx (Barkhane) ainsi que sur les bâtiments de la marine nationale (Porte-avion Charles de Gaulle en particulier). Les experts l’IRBA se sont saisis de tous les besoins : mise au point de masques de protection pour les patients et les soignants par les experts en physiologie, évaluation des conditions de travail des soignants de l’Elément Militaire de Réanimation par les experts en biosécurité, en physiologie et en psychologie (fatigue, charge thermique…), sécurisation des transports aériens de patients par les experts de médecine aéronautique et en biosécurité, etc. Une Task Force « Recueil, Analyse, Propositions Techniques et Scientifiques » dédiée au COVID 19 (TF RAPTS COVID 19) a été rapidement constituée pour mobiliser l’ensemble du potentiel scientifique et technique de l’IRBA autour de questions posées par les soignants, la DCSSA ou les forces armées. Les synthèses scientifiques réalisées ont été rapidement mises à la disposition de tous les acteurs sur le site Intradef de l’IRBA et partagées sur le site GEDISSA. L’expertise en biosécurité a été également fortement sollicitée pour les formations « Capacité de réanimation projetable » (CARP), l’IRBA ayant accueilli les deux premières formations ou pour la réalisation de films pédagogiques.

Le développement de méthodes de diagnostic de pointe

L’estimation de l’impact de la pandémie sur les forces supposait des techniques de diagnostic fiables associant au sérodiagnostic sensible et spécifique des techniques de séroneutralisation évaluant le pouvoir antiviral du sérum des personnes immunisées. Ces techniques mises en œuvre sur le site de Creil ont permis de connaitre l’extension de la pandémie sur ce premier cluster militaire. Un diagnostic plus fin, indispensable pour déterminer l’origine d’une contamination, a nécessité la mise au point de techniques de séquençage du génome viral à partir des prélèvements cliniques. Ce séquençage demande des capacités de biologie moléculaire et de bioinformatique dont le niveau technologique définit la rapidité de réponse. L’avenir s’est bâti durant la crise avec le développement de technologies de diagnostic plus sensibles et plus rapides permettant un dépistage plus précoce et adapté aux larges effectifs des forces comme la spectrométrie de masse MALDI-TOF sur prélèvements rhinopharyngés ou salivaires, ou les techniques de diagnostic moléculaire SHERLOCK.

La recherche biomédicale

L’IRBA a également participé à combler les lacunes dans les connaissances nécessaires aux soins des patients, que se soit par des travaux théoriques publiés ou par des essais cliniques. Ainsi, des travaux de recherche ont permis l’évaluation de la réponse immunitaire dans des cohortes de soignants et de personnels du MinArm, et également le diagnostic précoce de gravité des patients hospitalisés en réanimation. Ces travaux effectués en partenariat avec les hôpitaux d’instruction des armées et la médecine des forces ont montré la complémentarité et l’interopérabilité des différentes composantes du SSA.

Vers le futur

La place jouée par l’IRBA dans la réponse du SSA a mis en exergue son rôle dans la préparation aux crises et la complémentarité de son approche avec les autres composantes du SSA. Le développement des technologies de pointe dans un centre de recherche biomédicale dédié a permis la réactivité indispensable. L’agilité et l’engagement des équipes de recherche ont été par ailleurs les facteurs de succès pour face faire à cette pandémie mettant en péril les missions des forces armées. La rapidité et la fiabilité du diagnostic auquel l’IRBA a fortement contribué ont assuré une prise en charge optimale pour les combattants déployés en OPEX.